การศึกษาอันตรกิริยาของสารอนุพันธ์ไพราซิโนน ที่มีผลต่อการยับยั้งเอนไซม์การถ่ายแบบเอช ไอ วี – 1โดยวิธีโมเลคิวลาร์ ด็อกกิ้ง

ชื่อผู้จัดทำโครงงานวิทยาศาสตร์
  • รัตน์สุภา ธรรมาภรณ์

อาจารย์ที่ปรึกษาโครงงานวิทยาศาสตร์
  • สุภา หารหนองบัว

สถาบันการศึกษาที่กำกับดูแลโครงงานวิทยาศาสตร์

คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

ระดับการศึกษา

โครงงานในระดับการศึกษาปริญญาโทขึ้นไป

หมวดวิชา

โครงงานในสาขาวิชาเคมี

วันที่จัดทำโครงงานวิทยาศาสตร์

01 มกราคม 2541

บทคัดย่อโครงงานวิทยาศาสตร์

งานวิจัยชิ้นนี้เป็นการศึกษาอันตรกิริยาของสารอนุพันธ์ไพราซิโนนที่มีผลต่อการยับยั้งเอนไซม์การถ่ายแบบเอช ไอ วี 1 จำนวน 24 โมเลกุล โดยศึกษาการวางตัวของอนุพันธ์ไพราซิโนนในโพรงการจับเอนไซม์การถ่ายแบบเอช ไอ วี 1 ด้วยวิธีโมเลคิวลาร์ด็อกกิ้ง โดยโครงสร้างเริ่มต้นของอนุพันธ์ไพราซิโนน ได้คำนวณทางเคมีควอนตัมด้วยระเบียบวิธี แอบอินิชิโอ (HF/3 21G) และโครงสร้างเริ่มต้นของเอนไซม์ได้คัดเลือกจากProtein Data Bank (รหัส 1SUQ) แล้วทำการคำนวณค่าพลังงานการจับระหว่างโครงสร้างของอนุพันธ์ไพราซิโนนทั้ง 24 โครงสร้างเข้าไปในโพรงการจับของเอนไซม์การถ่ายแบบเอช ไอ วี 1 โดยโปรแกรมออโตด็อก 3.05 ผลการศึกษาพบว่า ค่าพลังงานการจับมีค่าอยู่ในช่วง 16.87 kcal/mol ถึง 14.20kcal/mol นอกจากนั้นการวางตัวของอนุพันธ์ไพราซิโนนในโพรงการจับ มีอันตรกิริยาที่สำคัญ คือ อันตรกิริยาที่เกิดจากพันธะไฮโดรเจนระหว่างไพราซิโนน กับ Lys101, Lys103, Tyr188, His235 และ Pro236 และอันตรกิริยาไพ ไพ ระหว่างวงฟีนิลของไพราซิโนน กับ Tyr181 Investigation on molecular interaction between twenty four pyrazinone derivatives and the binding pocket of HIV 1 reverse transcriptase (HIV 1 RT) were studied by Molecular Docking Calculations. The initial structures of pyrazinone derivatives were calculated by ab initio quantum chemical method(HF/3 21G). Structure of HIV 1 RT was taken form Protein Data Bank (PDB code 1SUQ). All pyrazinone derivatives were docked into the binding pocket of HIV 1 RT using Autodock3.05 program. The obtained results showed that final docked energies were ranged between 16.87 kcal/mol to 14.20 kcal/mol. The important interactions between pyrazinone derivatives and HIV 1 RT binding pocket were found to be H bonding with Lys101, Lys103, Tyr188, His235 and Pro236 and ¶ ¶ interaction between phenyl ring of pyrazinone and Tyr181.