Human SNP Browser powered by SVG

ชื่อผู้จัดทำโครงงานวิทยาศาสตร์
  • ธเนษฐ ปราณีนรารัตน์

อาจารย์ที่ปรึกษาโครงงานวิทยาศาสตร์
  • ศิษเฎศ ทองสิมา

สถาบันการศึกษาที่กำกับดูแลโครงงานวิทยาศาสตร์

คณะวิทยาศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย

ระดับการศึกษา

โครงงานในระดับการศึกษาประกาศนียบัตรวิชาชีพ

หมวดวิชา

โครงงานในสาขาวิชาคอมพิวเตอร์

วันที่จัดทำโครงงานวิทยาศาสตร์

01 มกราคม 2541

บทคัดย่อโครงงานวิทยาศาสตร์

ปัจจุบันงานทางด้านชีวสารสนเทศศาสตร์ (Bioinformatics) ได้มีบทบาทสำคัญในการช่วยนักวิจัยค้นหาความลับของสิ่งมีชีวิตที่สลับซับซ้อนเช่นมนุษย์ โดยการนำเอาคอมพิวเตอร์เข้ามาช่วยวิเคราะห์ข้อมูลรหัสทางพันธุกรรมหรือ Human DNA โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการใช้ข้อมูลความหลากหลายทางพันธุกรรมที่เรียกว่า สนิป หรือ SNP (Single Nucleotide Polymorphism) นั้น ต้องอาศัยนักชีววิทยาสืบค้นข้อมูลจากฐานข้อมูลซึ่งมีอยู่มากมายบน DNA ของเราซึ่งมีขนาดใหญ่มาก ในปัจจุบันการแสดงผลของข้อมูลเหล่านี้อยู่บนฐานข้อมูลสาธารณะและมีการแสดงผลผ่านเว็บเบราเซอร์ในรูปแบบของภาพนิ่ง JPEG หรือ GIF บ่อยครั้งที่ข้อมูลเหล่านี้หนาแน่นมากและจะถูกแสดงผลอย่างแออัด ทำให้การหาข้อมูลที่ต้องการและนำไปใช้นั้นเป็นสิ่งที่ลำบาก สิ่งที่จะช่วยให้การสืบค้นข้อมูลเหล่านี้ทำได้โดยง่ายขึ้นก็คือ การพัฒนาซอฟต์แวร์ที่ช่วยให้การแสดงผลข้อมูลเหล่านี้ชัดเจนมากยิ่งขึ้น โครงงานนี้ได้มีการนำเอาปัญหาของการแสดงผลข้อมูลขนาดใหญ่บนฐานข้อมูลดังกล่าว มาวิเคราะห์และได้นำเสนอแนวความคิดในการทยอยแสดงผลข้อมูลขนาดใหญ่โดยใช้หลักการ Cache ข้อมูลที่ยึดหลักพฤติกรรมการใช้งานของนักวิจัยที่เข้ามาดูข้อมูลสนิป แนวความคิดนี้ได้ถูกสร้างออกมาเป็น Standalone Software ที่อำนวยความสะดวกแก่นักชีววิทยาที่ต้องการใช้ข้อมูลที่มีอยู่มากมาย การวิจัยทางวิทยาการคอมพิวเตอร์ที่นำมาใช้เพื่อทำการแก้ไขปัญหาดังกล่าวเบื้องต้น ได้แก่ การนำไฟล์ภาพ SVG (Scalable Vector Graphics) เข้ามาแสดงผลข้อมูล, การหาวิธี และนโยบายการ Caching ข้อมูลขนาดใหญ่อย่างมีประสิทธิภาพ, การนำ Structured folders มาใช้งานแทนที่ฐานข้อมูลเพื่อความสะดวกในการติดตั้งและใช้งาน และการสร้าง Index ของข้อมูลที่ได้จัดเก็บไว้ เพื่ออำนวยความสะดวกในการค้นหาข้อมูล สิ่งที่ผลงานวิจัยชิ้นนี้มอบให้แก่วงการ Bioinformatics ได้แก่ 1) การสร้าง Standalone Human SNP Browser ที่ไม่จำเป็นต้องยึดติดกับฐานข้อมูลขนาด ใหญ่ตลอดเวลา 2) การใช้ SVG เข้ามาแสดงผลข้อมูลแทนที่การใช้ JPEG หรือ GIF 3) การใช้หลักการ Intelligent Caching System ช่วยให้การสำรองข้อมูลที่จำเป็นต่อการ แสดงผลมาเก็บไว้ทำให้ผู้ใช้ไม่ต้องเก็บข้อมูล Human genome ทั้งหมดไว้ที่เครื่องคอมพิวเตอร์เพื่อดูตำแหน่ง SNP